if (obj.alpha>iTarget) {
  speed=5;
}else{
  speed=-5;
}

你这段有问题吧，mouseover 的时候 obj.alpha 的值为 30 iTarget的值为 100 ， speed 取 -5 ，这样的话岂不是透明度一直在减小直到最后消失变为负值

代码中所有的timer和alpha变量都 未定义！未定义！未定义！重要的事情说三遍！(｡･∀･)ﾉﾞ

还有，下次提问发代码记得选择代码语言，纯文本看着真的不方便(◑▽◐)，下面展示代码看着多舒服：

window.onload = ChangeColor;

function ChangeColor() {
  //定义公有变量timer和alpha
  var timer = null; 
  var alpha = 0;
  //***下面所有的timer和alpha变量都未定义！未定义！未定义！重要的事情说三遍！
  var box=document.getElementsByTagName("div");
  for (var i = 0; i < box.length; i++) {
    box[i].timer=null; 
    box[i].alpha=30;
    box[i].onmouseover=function(){
      ChageAlpha(this,100);
    }
    box[i].onmouseout=function(){
      ChageAlpha(this,30);
    }
  }

}

function ChageAlpha(obj,iTarget){
  clearInterval(obj.timer);
  obj.timer=setInterval(function(){
    var speed=0;
    if (obj.alpha>iTarget) {
      speed=5;
    }else{
      speed=-5;
    }
    if (obj.alpha==iTarget) {
      clearInterval(obj.timer);
    }else{
      obj.alpha+=speed;
      obj.style.filter='alpha(opacity:'+obj.alpha+')';
      obj.style.opacity=obj.alpha/100;
    }
  },30)

}