perl命令

perl命令相关知识

• perl 命令行实战1 - fasta文件的相关操作

  1. fasta文件的介绍>gene1 ATGAGCTGGCGATGCTGACTGTGATCTGATGCT GTGACTGACTGACGTATGCGAGCTCAGCTGACG TGTTAA >gene2 ATGGCAGGCTGCAGCGATGTAGAGTCGACTTAC GACTGTGATCTGATGCTTAGAGTCGACTTAAAA AGTGTGGGTTGA >gene3 ATGGCAGGCTGTGATGCTTATGTAGAGTCGAAT GACTTTAGAGTCGACTGATGCTTAGAGTCGACT AGTGTGGGTTGGTGTTGAfasta文件含有两类信息第一类是以>符号开头的，是标题头信息，记录了基因名称，有时候下载的fasta文件含有更多的信息（序列说明、编号、版本号、物种来源等等）详情请见fasta格式第二类是序列信息，就是跟着>打头的标题头信息的这一行的第二行开始直到遇到下一个>或者到达文件末尾就为这个标题头对应的序列了。fasta格式是生信中最为
• perl 命令行实战2 - fastq文件的相关操作

  1. fastq文件的介绍详细介绍：fastq格式fastq是一种除了fasta文件之外，做生信另外一个最为常见的文件类型。fastq文件主要是用来存储测序的序列信息的。它以4行为一个单位，是严格按照行限定的格式，不像之前的fasta文件那样比较灵活的形式。虽然网上有很多关于fastq文件的介绍，这里我还是想啰嗦几句，因为这样到后面写perl程序的时候可以前后对应着看会稍微方便一点示例@SRR2177462.1 FCC600JACXX:2:1101:1489:2045/1NGGCAAAAGGAAGCACATATTCGCATATAGAACCAGGATTTATAAGGTACAACAANTAGACTTATCCTCCACTCTCATGTTCATGAATCA +#1=ABDD?FH?HFG>DGHBHIFFHGCGGCHGCGHGII)?FG@DBAEH9???FGAB#-5@(@=EEHECAAH@EE;BCEEFA@ADDCCA;AC@SRR2177462.2 FCC600JACXX:2:1101:1661
• Perl one-line command

  命令行调用perl [ -sTtuUWX ][ -hv ] [ -V[:configvar] ][ -cw ] [ -d[t][:debugger] ] [ -D[number/list] ][ -pna ] [ -Fpattern ] [ -l[octal] ] [ -0[octal/hexadecimal] ][ -Idir ] [ -m[-]module ] [ -M[-]'module...' ] [ -f ][ -C [number/list] ][ -P ][ -S ][ -x[dir] ][ -i[extension] ][ [-e|-E] 'command' ] [ -- ] [ programfile ] [ argument ]...
• Perl语言学习(一)Perl基础

  一、Perl基础1、Perl概述Perl的起源和发展image.pngPerl：Practical Extraction and Report Language（实用报表提取语言）也被戏称为：Pathologically Eclectic Rubbish Lister（病态折中垃圾列表器）Perl语言的中心思想：There‘s More Than One Way To Do It（不只一种方法来做一件事）Perl的发展历史Perl的特点简单、快速、灵活、开源、免费Perl的应用场合文本处理：工程领域数据处理，生物学数据处理Web网站：如Yahoo，Amazon，Web页面也是文本文件，Perl有TCP/IP通信能力数据处理：Perl语言有大量的扩展可能用来直接与各种主流的数据库进行通信邮件处理和FTP功能自动化作图2、Perl开发环境的搭建Windows下搭建Perl开发环境perl -v/-version/-VActivePerl安装时会自动设置环境变量下载ActivePerl并进行安装在网页http:/

perl命令相关课程

• 掌握Shell脚本编程 360架构师带你进阶Linux高手 在本课程中，360资深架构师-酷田老师 亲自带你学习如何使用Shell来更好的操作/管理手里的Linux，尤其是作为运维开发的小伙伴，这门课千万不要错过。

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perl命令相关教程

• 2.1 命令行参数 在 windows 和 linux 中，操作系统提供了命令行的控制方式，用户输入命令完成任务。例如，建立一个目录，输入如下命令：C:\> mkdir test这条命令创建了一个名称为 test 的目录，字符串 ‘mkdir’ 和字符串 ‘test’ 被称为命令行参数。
• 1. df 命令 若想要知道磁盘空间使用情况，可以使用 df 命令，df 命令可以很方便地查看到磁盘空间使用情况。
• 4. 命令行模式 顾名思义，命令行模式下的操作当然就是以命令为主，Vim 为我们提供了大量的丰富的命令，你可以把命令行模式当做是普通模式的加强版，它可以用来做到许多普通模式做不到的事情。在普通模式下按下 : ，这时你会看到窗口的左下角出现了一个 : ，代表你已经进入命令行模式可以进行命令的输入，输入的命令会出现在 : 的后面。下面我们演示下替换的命令操作：注解分解作用备注：进入命令行模式%意味所有行也可以是指定行或者指定范围行s替换意思substitute/fmt匹配的字符这可以是个正则表达式/mmm/需要替换的结果g意思全局和上面%有所区别，一个是匹配全局一个是替换全局Tips： Vim 有很多丰富的命令，这里只是抛砖引玉仅供大家对命令模式有一个初步概念。后面再实际增删改查等操作中会加入更多的命令操作。
• 1. 待测试命令 npm命令yarn命令npm installyarnnpm install xxx@1.1.1 -gyarn global add xxx@1.1.1npm install xxx@1.1.1 --saveyarn add xxx@1.1.1npm install xxx@1.1.1 --save-devyarn add xxx@1.1.1 --devnpm uninstall xxx --save(-dev)yarn remove xxxnpm run xxxyarn run xxxx通过以上待测试命令，我们可以看到：相同功能的命令，yarn的命令更加简洁，且更加语义化。yarn的全局安装使用 global 命令，但是yarn本身并不希望我们全局安装某些包，更希望我们每一个项目单独去管理依赖及版本。全局安装某些包后，如果需要删除模块，用 yarn global remove 就好，如果需要清除缓存，用 yarn cache clean 。如npm run 等很多命令，我们可以直接替换成yarn run，降低了学习记忆成本。
• 2. 基本命令 查看配置如果要检查 Git 配置，可以使用以下 git config --list 命令列出 Git 的所有设置 ：$ git config --list 不仅可以查看配置，还可以查看这些设置的来源，也就是这些配置对应的配置文件位置：$ git config --list --show-origin获取帮助如果在使用 Git 时需要帮助，可以使用三种等效的方法来获取有关任何 Git 命令的帮助手册：$ git help <verb>$ git <verb> --help$ man git-<verb> 例如：我们可以执行如下命令，来查看有关 config 的帮助命令：$ git help config执行完毕，会自动打开 Git 的帮助页面，甚至可以离线使用，还是非常方便的。当然，Git 的基础命令还有很多，在这里就不一一列举，需要使用的话大家可以自行查阅相关资料。因为一切命令的使用方法基本上通过我给出的这种方法都可以查询到，讲是讲不完的，授人以鱼不如授人以渔嘛！
• 3.3 as 命令 as 命令是用来重命名的，在使用 import 命令导入时可以使用 as 来更改变量名。// a.jslet a = 1;let b = 2;export { a, b,}// main.jsimport { a, b as y } from './a';console.log(a, y); // 1,2如果模块中同时有 export default 导出和 export 导出时，在导入时可以使用 as 对默认导出进行重命名。// a.jslet a = 1;let b = 2;export { a, b,}export default let c = 3;// main.jsimport { a, b, default as c } from './a'// 等价于下面直接在外面进行使用import c, { a, b } from './a'默认导出的内容也可以放在 export 导出的对象中，但是需要使用 as default 命令：// a.jslet a = 1;let b = 2;let c = 'imooc';export { a, b, c as default, // 相当于 export default 'imooc',给导出的对象增加一个default属性}

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