perl脚本相关知识
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一个按检索条件从NCBI下载序列的Perl脚本NCBI我想大家是再熟悉不过的了,有时候我们需要按照自己的想法来下载一些序列在比对一下,网上也有很多点来点去的教程,但是面对数据量大一点的序列他们往往不太灵。比如我们想下物种Phytophthora 的ITS1序列,在NCBI上输入Phytophthora ITS1 就可以了。然后把Search details里面的内容填到脚本相应的内容里面就好啦。下载序列其实是一道填空题。#!/usr/bin/perl #use strict;######################################################## Application 3: Retrieving large datasets # # Goal: Download all chimpanzee mRNA sequences in FASTA format (>50,000 sequences).# # Solution: First use ESearch to retrieve the GI numb
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Linux下用户的创建与删除我们在Linux下创建用户主要有两种方式:adduser和useradd,它们的区别以及主要用法如下: adduser adduser的用法很简单,只需adduser+username即可,如下: sudo adduser alvin 这个命令其实是个perl脚本,它的底层还是调用useradd命令。网上很多教程说它会进行人机交互,但现在有些发行版(比如centOS)其实已经改进了,无需繁琐的交互,只需以上一条命令即可创建用户。 adduser命令会自动创建用户家目录,指定shell版本。但是,有些发行版在创建用户的同时,会要求你设定用户密码,而有
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Xtrabackup使用指南 InnoDB数据备份工具 一、Xtrabackup介绍 A、Xtrabackup是什么 Xtrabackup是一个对InnoDB做数据备份的工具,支持在线热备份(备份时不影响数据读写),是商业备份工具InnoDB Hotbackup的一个很好的替代品。 Xtrabackup有两个主要的工具:xtrabackup、innobackupex 1、xtrabackup只能备份InnoDB和XtraDB两种数据表,而不能备份MyISAM数据表 2、innobackupex是参考了InnoDB Hotbackup的innoback脚本修改而来的.innobackupex是一个perl脚本封装,封装了xtrabackup。主要是为了方便的 同时备份InnoDB和MyISAM引擎的表,但在处理myisam时需要加一个读锁。并且加入了一些使用的选项。如slave-info可以记录备份恢 复后,作为slave需要的一些信息,根据这些信息,可以很方便的
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Linux有问必答:如何用Perl检测Linux的发行版本提问:我需要写一个Perl程序,它会包含Linux发行版相关的代码。为此,Perl程序需要能够自动检测运行中的Linux的发行版(如Ubuntu、CentOS、Debian、Fedora等等),以及它是什么版本号。如何用Perl检测Linux的发行版本?如果要用Perl脚本检测Linux的发行版,你可以使用一个名为Linux::Distribution的Perl模块。该模块通过检查/etc/lsb-release以及其他在/etc下的发行版特定的目录来猜测底层Linux操作系统。它支持检测所有主要的Linux发行版,包括Fedora、CentOS、Arch Linux、Debian、Ubuntu、SUSE、Red Hat、Gentoo、Slackware、Knoppix和Mandrake。要在Perl中使用这个模块,你首先需要安装它。在Debian或者Ubuntu上安装 Linux::Distribution基于Debian的系统直接用apt-get安装$ sudo apt-get&nb
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- 5. 测试脚本 你还可以用 JavaScript 为 Postman API 请求编写测试脚本。测试脚本能确保你的请求按预期工作,确保后台服务之间的集成运行可靠,验证新开发的功能没有破坏之前已存的功能。当 API 出现问题时,还可以使用测试脚本帮你调试程序。比如,你可以编写一个测试脚本,通过发送不完整的数据给请求来验证请求的错误处理。可以向单个请求、文件夹和集合添加测试脚本。Postman 里包含一些脚本你可以通过点击来增加,然后根据需求来修改里面的逻辑。要给请求添加测试代码,跟上面添加“请求前脚本”一样,打开请求,并在 “Tests” 选项卡中添加代码。在 “Test Results” 选项卡中看到输出。
- 6. 运行 Kotlin 脚本 Kotlin 也可以用作脚本语言。脚本是具有顶层可执行代码的 Kotlin 源文件(.kts)。实例:实现一个输出当前目录所有文件的 kotlin 脚本(-dir 后跟目录):import java.io.Fileval filePath = if(args.contains("-dir")) args[1 + args.indexOf("-d")] else "."File(filePath).listFiles { file -> println(file) return@listFiles true}要运行脚本,我们只需使用相应的脚本文件将 -script 选项传递给编译器。kotlinc -script read_files.kts -- -dir xxx从 Kolint 1.3.0 开始,Kotlin 对脚本定制提供了实验性支持,例如添加外部属性、提供静态或动态依赖关系等。自定义由所谓的 脚本定义 带有适当支持代码的带注释的 kotlin 类定义。脚本文件扩展名用于选择适当的定义。当适当的 jar 文件包含在编译类路径中时,会自动检测并正确应用正确编写的脚本定义。或可以使用编译器的 -script-templates 选项来手动定义:kotlinc -script-templates org.example.CustomScriptDefinition -script custom.script1.kts
- 1. 脚本插件 脚本插件就是我们在.gradle文件 [例如 demo.gradle ]中定义自己的编译任务。在项目中的build.gradle文件中通过apply from:'demo.gradle'就可以使用这个脚本插件。下面我们以输出项目名称为例子,来简单学习脚本插件,一般我们将脚本插件写在项目的根目录下,项目目录结构如下:
- 3.1 脚本传递 脚本传递参数,就是在运行脚本的时候通过位置参数传递进脚本内,每个参数利用一个空格来进行分割,如果传递的参数本身就有空格,则可以利用 "" 来引起来,作为一个整体传递,在脚本内通过 $n 来获取。[root@master Shell_args]# cat args1.sh #!/bin/bashecho "第一个参数为: $1"echo "第二个参数为: $2"echo "脚本名称为: $0"[root@master Shell_args]# bash args1.sh go "python Shell java"第一个参数为: go第二个参数为: python Shell java脚本名称为: args1.sh例如我们第二个参数为一个带有空格的多个字符串,我们可以用双引号引起来作为一个位置参数进行传入。
- 1.2 Shell 脚本结构 Shell 脚本在其中的第一行需要有指明解释器,在上面 CLI Shell 中的那些解释器,都可以写,在以./install_mysql.sh 的时候,此时就是利用脚本中第一行的解释器来运行脚本,其格式为#!Shell解释器,例如#!/bin/bash, 但是这种方式存在一定的局限性,我们推荐使用 env 环境变量中的 bash,推荐使用这种方式#!/usr/bin/env bash。
- 1.2 创建一个Ruby脚本 在命令行中输入一个命令:创建一个hello_world.rb脚本(Ruby的脚本都是.rb后缀的),并在其增加一行输出“Hello World”的代码。$ echo "puts \"Hello World\"" > hello_world.rb在命令行下,我们需要使用ruby命令才可以运行Ruby脚本。$ ruby hello_world.rb Hello World我们可以看到,运行脚本命令的下方输出了我们想要的 “Hello World”,hello_world.rb就是一个最简单的 Ruby 脚本。运行 hello_world.rb 脚本使用vim可以编辑 Ruby 脚本。下面是执行 $ vim hello_world.rb后显示的内容:使用 Vim 编辑 Ruby 脚本经验:在 Ruby 开发中,虽然有很多种编辑器都可以进行开发,不过我更推崇的是使用Vim编辑器开进行Ruby 开发,对 Vim 以及指法熟悉之后,开发效率照常规程序员会高出很多很多。
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