如何使用 Python 脚本将 JSON 数据转换为蛋白质数据库 (PDB)？

Question

我想使用 Python 脚本将我的 JSON 数据转换为蛋白质数据库 (PDB) 格式。我能够将它们转换为 CSV，但是我无法将它们转换为 PDB 格式。将 JSON 数据或 CSV 转换为蛋白质数据库 (PDB) 的任何帮助将不胜感激？谢谢。

Answer 1

您可以使用PDB 工具

df = pd.read_csv(...)
df.to_csv("myfile.pdb" , sep="\t")

可能有效。如果失败，则df.to_csv("myfile.csv" , sep="\t")重命名 from .csvto.pdb可能会起作用。

看看这个 biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#sec177。否则剩下的唯一选择是在记事本文件中手动制作所有这些缩进（可以通过编程方式完成），然后将其另存为 .pdb