使用 python 运行 blast 时，“blastp”未被识别为内部或外部命令错误

Question

我想创建一个新列，它是每个 TimePeriodId 的“BillType”列中“IN”和“SA”的生命总和。这样，我将为单个 TimePeriodId 设置一个“总生命数”条目。我已经浏览了很多文档，但无法弄清楚在这种情况下我会怎么做。代码示例：sa = pd.read_sql(sa_q1, sql_conn)#convert TimePeriodId to string valuessa['TimePeriodId'] = sa['TimePeriodId'].astype(str)sa = sa.loc[(sa['BillType'] =='SA') | (sa['BillType']=='IN')]#.drop(['BillType'], axis = 1)sa.head(10).to_dict()#the last line returns the following:{'TimePeriodId': {1: '201811',  2: '201811',  4: '201812',  5: '201812',  9: '201901',  11: '201901',  13: '201902',  14: '201902',  17: '201903',  18: '201903'}, 'BillType': {1: 'IN',  2: 'SA',  4: 'IN',  5: 'SA',  9: 'SA',  11: 'IN',  13: 'IN',  14: 'SA',  17: 'IN',  18: 'SA'}, 'Lives': {1: 1067,  2: 288028,  4: 1058,  5: 287501,  9: 293560,  11: 1068,  13: 1089,  14: 278850,  17: 1076,  18: 276961}}任何帮助，将不胜感激！

Answer 1

首先找到您的可执行文件的安装位置blastp，并将其作为参数提供给NcbiblastpCommandline.

from Bio.Blast.Applications import NcbiblastpCommandline

blastp_path = r"C:\path\to\blastp.exe"

result = r"C:\Users\Uzytkownik\Desktop\tests\result.xml" 

q = r"C:\Users\Uzytkownik\Desktop\tests\fastas\my_example2.faa"

database = r"C:\Users\Uzytkownik\Desktop\tests\my_examplemultif.faa"

blastp_cline = NcbiblastpCommandline(cmd=blastp_path, query=q, db=database, evalue=0.001, outfmt=5, out=result)

如果你现在这样做，print(blastp_cline)它应该打印出将要运行的完整命令。通过复制/粘贴此输出并从命令行运行它来仔细检查它是否有效。如果可行，那么

stdout, stderr = blastp_cline()

也应该工作。