用于图像配准的 SimpleITK。写作问题

Question

我已经从源代码安装了 Python3 上的 SimpleITK 包。当我执行提供的注册示例时：#!/usr/bin/env python    #=========================================================================##  Copyright NumFOCUS##  Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");#  you may not use this file except in compliance with the License.#  You may obtain a copy of the License at##         http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt##  Unless required by applicable law or agreed to in writing, software#  distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,#  WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.#  See the License for the specific language governing permissions and#  limitations under the License.##=========================================================================from __future__ import print_functionimport SimpleITK as sitkimport sysimport osdef command_iteration(method) :    print("{0:3} = {1:10.5f} : {2}".format(method.GetOptimizerIteration(),                               method.GetMetricValue(),                               method.GetOptimizerPosition()))if len ( sys.argv ) < 4:    print( "Usage: {0} <fixedImageFilter> <movingImageFile>                 <outputTransformFile>".format(sys.argv[0]))    sys.exit ( 1 )fixed = sitk.ReadImage(sys.argv[1], sitk.sitkFloat32)moving = sitk.ReadImage(sys.argv[2], sitk.sitkFloat32)R = sitk.ImageRegistrationMethod()R.SetMetricAsMeanSquares()R.SetOptimizerAsRegularStepGradientDescent(4.0, .01, 200 )R.SetInitialTransform(sitk.TranslationTransform(fixed.GetDimension()))R.SetInterpolator(sitk.sitkLinear)R.AddCommand( sitk.sitkIterationEvent, lambda: command_iteration(R) )在写入图像并触发以下错误之前，执行Python ImageRegistrationMethod1.py image_ref.tif image_moving.tif res.tif似乎运行良好：res.tif

Answer 1

运行 ImageRegistrationMethod1 示例的结果是一个转换。SimpleITK 支持多种文件格式进行转换，包括文本文件 (.txt)、Matlab 文件 (.mat) 和 HDF5Tranform (.hdf5)。这不包括 .tif 文件，这是一个图像文件，而不是转换。

您可以在 SimpleITK IO 页面的转换部分阅读更多相关信息：

https://simpleitk.readthedocs.io/en/master/IO.html#transformations

在这个例子中，产生的变换是一个 3-d 平移。因此，如果您选择了 .txt 文件输出，您可以在参数行中看到 X、Y 和 Z 翻译。

Answer 2

如果你想写 dicom 作为文件输出，请试试这个。

writer.SetFileName(os.path.join('transformed.dcm'))
writer.Execute(cimg)