如何使用 C# .net 中的 HDF5DotNet 读取 HDF5 多维数组数据集？

Question

我需要读取一个包含 3 x 3 数组的 HDF5 数据集，数据类型为双精度。从下面的代码返回时，我的 Visual Studio 2017 Pro 崩溃。使用调试器，此代码从 HDF5 读取 2-dim 数组；我可以在调试器中读取它；但是函数 read_double_array 在返回给调用者时会崩溃。来自 STACKO 示例的第二次代码尝试……。    public static double[,]  read_double_array( H5FileId fileId, string dataset_name, int dim1, int dim2 ){    double [,] return_data = new double[ dim1, dim2 ];    try    {        H5Array<double> h5_array = new H5Array<double>( return_data );        H5DataSetId double_array_dataset  = H5D.open( fileId, dataset_name );        H5D.read<double>(   double_array_dataset,                             new H5DataTypeId(H5T.H5Type.NATIVE_DOUBLE),                             h5_array );        H5D.close(double_array_dataset);    }    catch( HDFException e )    {        Console.WriteLine( e.Message );        int aa=0;    }    return return_data;}我的代码第一次尝试，崩溃了……………………public static double[,]  read_double_array( H5FileId fileId, string dataset_name, int dim1, int dim2 ){        double [,] return_data = new double[ dim1, dim2 ];    try    {        H5DataSetId dataSetId  = H5D.open( fileId, dataset_name );        H5D.read(   dataSetId,                     new H5DataTypeId( H5T.H5Type.NATIVE_DOUBLE ),                    new H5Array<double>( return_data ) );    }    catch( HDFException e )    {        Console.WriteLine( e.Message );        int aa=0;    }    return return_data;  <<<<<<<<<<<<<<<<<<   H A N G S   H E R E}

Answer 1

我让它工作了。这是我的代码...

    // Reads a 2-dim array of double.

// INPUT:  fileId of open HDF5 file

public static bool  read_double_array( H5FileId fileId, string dataset_name, int dim1, int dim2, ref double [,] output_double_array )

{

    try

    {

        output_double_array = new double[ dim1, dim2 ];

        H5Array<double> h5_array = new H5Array<double>( output_double_array );

        H5DataSetId dataset = H5D.open( fileId, dataset_name);

        H5D.read<double>(   dataset, 

                            new H5DataTypeId(H5T.H5Type.NATIVE_DOUBLE), 

                            h5_array);

    }

    catch( HDFException e )

    {

        Console.WriteLine( e.Message );

        return false;

    }

    return true;

}

Answer 2

避免严重的痛苦（由于 HDF5 低级实现细节）并查看HDFql。

这是一个使用 C# 中的 HDFql 来读取名为 double 的数据类型的多维（大小 3x3）数据集的解决方案，该dset数据类型存储在名为的 HDF5 文件中test.h5（假设文件和数据集都已经存在）：

// use HDFql namespace (make sure it can be found by the C# compiler)

using AS.HDFql;

public class Test

{

    public static void Main(string []args)

    {

        // declare variables

        double [,]data = new double[3, 3];

        int x;

        int y;

        // select (i.e. read) dataset "dset" from HDF5 file "test.h5" into variable "data"

        HDFql.Execute("SELECT FROM test.h5 dset INTO MEMORY " + HDFql.VariableTransientRegister(data));

        // display content of variable "data"

        for(x = 0; x < 3; x++)

        {

            for(y = 0; y < 3; y++)

            {

                System.Console.WriteLine(data[x, y]);

            }

        }

    }

}