如何使用奇点图像运行 jupyter notebook？

Question

我已经构建了一个包含最新 anaconda 版本的奇异图像 (jupyter.sif)，我想用它来运行 jupyter notebook。我想运行这样的东西：singularity exec \  --bind /path/outside/image/:/path/inside/image/ \  jupyter.sif jupyter notebook \    --notebook-dir=/path/to/dir --no-browser --ip=127.0.0.1本质上，只需启动一个普通的 jupyter notebook，它将使用 python 版本和安装在奇异图像中的包。理想情况下，笔记本将读取和写入图像外的文件（因此我指定了绑定路径）。但是，当我运行上述命令时，出现以下错误：> Traceback (most recent call last):   File> "/opt/conda/lib/python3.7/site-packages/traitlets/traitlets.py", line> 528, in get>     value = obj._trait_values[self.name] KeyError: 'runtime_dir'> > During handling of the above exception, another exception occurred:> > Traceback (most recent call last):> >   File "/opt/conda/bin/jupyter-notebook", line 11, in <module>>     sys.exit(main())> >   File> "/opt/conda/lib/python3.7/site-packages/jupyter_core/application.py",> line 266, in launch_instance>     return super(JupyterApp, cls).launch_instance(argv=argv, **kwargs)> >   File> "/opt/conda/lib/python3.7/site-packages/traitlets/config/application.py",> line 657, in launch_instance>     app.initialize(argv)> >   File "<decorator-gen-7>", line 2, in initialize> >   File> "/opt/conda/lib/python3.7/site-packages/traitlets/config/application.py",> line 87, in catch_config_error>     return method(app, *args, **kwargs)> >   File> "/opt/conda/lib/python3.7/site-packages/notebook/notebookapp.py", line> 1626, in initialize>     self.init_configurables()> >   File> "/opt/conda/lib/python3.7/site-packages/notebook/notebookapp.py", line> 1319, in init_configurables>     connection_dir=self.runtime_dir,> >   File> "/opt/conda/lib/python3.7/site-packages/traitlets/traitlets.py", line> 556, in __get__>     return self.get(obj, cls)我认为这是因为笔记本试图在图像中写入内容，并且因为我没有将图像作为 sudo 运行（我不想这样做）并且我在执行图像时也没有指定 --writable （也不想这样做），它抱怨无法在图像中写入。有没有办法“告诉”图像在我的主目录中而不是在图像内部读取和写入文件？

Answer 1

我刚刚遇到了同样的问题，这似乎已经为我解决了：将容器内的 /run/user 映射到外部工作目录（或您选择的目录）。对于您的情况，可能意味着：

singularity exec --bind /path/outside/image/:/path/inside/image/ --bind $PWD:/run/user jupyter.sif jupyter notebook --notebook-dir=/path/to/dir --no-browser --ip=127.0.0.1

像这样运行时，在我的情况下1000创建了一个文件夹

Answer 2

这适用于奇点实例，例如：

   singularity instance.start --writable --contain --bind shared:/shared sandbox/ jupyter

Answer 3

该接受的答案的作品，但这里是不需要绑定安装另一种解决方案。可以unset XDG_RUNTIME_DIR在运行jupyter notebook之前运行，这个错误就会消失。