在距离矩阵中查找值的索引？

Question

从 461 个 X、Y 和 Z 坐标列表中，我使用 SciPy 创建了一个距离矩阵，如下所示[[ 0.          3.78112691  6.55159315 ... 63.40661118 62.2923149  64.71125443] [ 3.78112691  0.          3.76986434 ... 60.79913069 59.55251531  61.87364432] [ 6.55159315  3.76986434  0.         ... 61.12392086 59.65959803  61.94572052] ... [63.40661118 60.79913069 61.12392086 ...  0.          3.8003808   5.63044026] [62.2923149  59.55251531 59.65959803 ...  3.8003808   0.   3.82889361] [64.71125443 61.87364432 61.94572052 ...  5.63044026  3.82889361   0.        ]]我还编写了代码，允许用户从距离矩阵中提取小于或等于某个值的值，然后将其写入文本文件radius = int(input("Enter the radius threshold for contact (Angstrom): "))###########This code will extract every pair <= radius##################f = open('contact.txt', 'w')for i in distance_matrix:    for j in i:        if j <= radius:            if j != 0:                f.write(str(j) + '\n')print("File contact.txt written")#########################################################################文本文件 (contact.txt) 只是一长串值 <= 到用户指定的值。有没有办法也写出这些值来自哪一对索引？例如，如果在 x 轴上的索引 b 和 y 轴上的值 c 的交点处找到值“a”，是否可以将其添加到输出文本文件中？

Answer 1

根据评论，您可以使用 enumerate 这相当于

zip( range( len(vec)), vec)

去做这个：

f = open('contact.txt', 'w')

for n1, i in enumerate(distance_matrix):

    for n2 ,j in enumerate(i):

        if j <= radius:

            if j != 0:

                f.write(str(j) + '\n')

print("File contact.txt written")

其中 n1 和 n2 是您的索引

Answer 2

你可以使用np.where

indices = np.where((distance_matrix <= radius) & (distance_matrix != 0))

row_col_vals = list(zip(*indices, distance_matrix[indices]))  # gives you a list or (row, col, value) tuples

例如，如果radius = 5和

distance_matrix =  np.array([[2, 6], [0, 3]])

然后

row_col_vals = [(0, 0, 2), (1, 1, 3)]

写入文件：

f = open('contact.txt', 'w')

for row, col, val in row_col_vals:

    print(row, col, val, file=f)

f.close()

哈。