删除文件的蛇形规则

Question

我有一个看起来像这样的大蛇形文件（在简化了很多之后）。rule a:    input: '{path}.csv'    output: '{path}.a.csv'    shell: 'cp {input} {output}'rule b:    input: '{path}.csv'    output: '{path}.b.csv'    shell: 'cp {input} {output}'rule c:    input: '{path}.csv'    output: '{path}.c.csv'    shell: 'cp {input} {output}'rule d:    input: '{path}.csv'    output: '{path}.d.csv'    shell: 'cp {input} {output}'rule all:    input: 'raw1.a.b.c.a.d.csv',           'raw2.a.b.c.d.a.csv'（这个设置让我可以使用像函数这样的规则，通过在all规则中链接它们的文件名后缀。）开始状态：$ ls -tr1Snakefileraw1.csvraw2.csv$ snakemake all...后：$ ls -tr1Snakefileraw1.csvraw2.csvraw2.a.csvraw2.a.b.csvraw2.a.b.c.csvraw2.a.b.c.d.csvraw1.a.csvraw1.a.b.csvraw1.a.b.c.csvraw1.a.b.c.a.csvraw1.a.b.c.a.d.csvraw2.a.b.c.d.a.csv现在，我想添加一个规则来删除特定的中间文件（例如raw1.a.csv和raw2.a.b.csv），因为我不需要它们并且它们占用大量磁盘空间。temp()由于通配符，我无法标记输出{path}。有小费吗？谢谢。

Answer 1

temp() 在这种情况下确实有效。

rule all:

    input: 'raw1.a.b.c.a.d.csv',

        'raw2.a.b.c.d.a.csv'

rule a:

    input: '{path}.csv'

    output: temp('{path}.a.csv')

    shell: 'cp {input} {output}'

rule b:

    input: '{path}.csv'

    output: '{path}.b.csv'

    shell: 'cp {input} {output}'

rule c:

    input: '{path}.csv'

    output: temp('{path}.c.csv')

    shell: 'cp {input} {output}'

rule d:

    input: '{path}.csv'

    output: '{path}.d.csv'

    shell: 'cp {input} {output}'

执行此操作将导致创建文件raw1.a.b.c.a.d.csv , raw1.a.b.csv, raw2.a.b.c.d.csv, raw2.a.b.csv和自动删除文件raw1.a.csv, raw2.a.csv, raw1.a.b.c.csv, raw2.a.b.c.csv, raw1.a.b.c.a.csv, raw2.a.b.c.d.a.csv。

Answer 2

编辑：实际上，这个解决方案不起作用..它会导致竞争条件......

好吧，我想通了...

rule a:

    input: '{path}.csv'

    output: '{path}.a.csv'

    shell: 'cp {input} {output}'

rule b:

    input: '{path}.csv'

    output: '{path}.b.csv'

    shell: 'cp {input} {output}'

rule c:

    input: '{path}.csv'

    output: '{path}.c.csv'

    shell: 'cp {input} {output}'

rule d:

    input: '{path}.csv'

    output: '{path}.d.csv'

    shell: 'cp {input} {output}'

rule remove:                          # <-- rule to delete a file

    input: '{path}'

    output: touch('{path}.removed')

    shell: 'rm {input}'

rule all:

    input: 'raw1.a.b.c.a.d.csv',

           'raw2.a.b.c.d.a.csv',

           'raw1.a.csv.removed',      # <-- specify which files to rm

           'raw2.a.b.c.csv.removed',  # <-- specify which files to rm

这是dag：

$ snakemake --dag all | dot -Tpng > dag.png