对python中BED /间隔文件中的每一行进行相同的更改

Question

我有一个试图使用Galaxy在线工具使用的BED间隔文件。当前，文件中的每一行都以一个数字开头（代表染色体编号）。为了正确上载它，我需要每一行以“ chr”开头，然后以数字开头。因此，例如以“ 2L”开头的行，我需要进行更改，以使它们以“ chr2L”开头，并对以数字开头的其他所有行都执行同样的操作（不仅是2L，还有许多不同的数字）。我在想是否可以在每行的开头添加一个“ chr”而不影响其他列，那太好了，但是我不知道该怎么做（python的新手）请您帮我一下出去？

Answer 1

第一步打开文件

  file = open("somefile.txt")

步骤2

  lines = list(file.readlines())

  file.close()

第3步：使用列表理解

   new_lines = ["chr"+line for line in lines]

步骤4将新行写回文件

   with open("somefile.txt","w") as f:

       f.writelines(new_lines)

为了不将所有行存储在内存中

   file1 = open("some.txt")

   file2 = open("output.txt","w")

   for line in file1:

       print >> file2, "chr"+ line

   file1.close()

   file2.close()

然后只需复制output.txt到您的原始文件名