带有频率分布百分比的Python Draw图

Question

我使用的是Python，在绘制图之前从未使用过它，并且想知道是否有一种方法可以执行以下操作。我有一个文件，其中包含一列（DNA甲基化数据的百分比）。我想绘制分布频率（也许使用10的仓位）以显示数据。有什么办法可以在python中做到这一点。

Answer 1

如果您的RAW甲基化数据以.idat文件的形式出现（Illumina使用此格式），请查看methylpreppython程序包（及其相关的methylcheck程序包以进行绘图）。

对于甲基化数据，大多数人将样品标为beta distribution或m_value plot表示每个探针的甲基化百分比（但实际上是从0到1的分数，而不是百分比）。

使用将是这样的：

CLI: `python -m methylprep process -d <folder_path_of_idats> --all`

python:

>>>import methylcheck

>>>df = methylcheck.load(<path>) # creates a pandas dataframe of all samples in the folder you are in, or path specified.

>>>methylcheck.sample_plot(df)

下面的jupyter笔记本中产生的情节示例