循环遍历R中目录中的所有文件，应用多个命令

Question

我需要将R中的一组命令应用于目录中的所有单个.txt文件（大约300个）。我对R不太熟悉，因此我在线上看到的有关循环的所有帮助都很令人困惑，或者当您需要对每个文件应用多个命令时，我无法弄清楚如何应用循环。我需要应用到目录中每个文件（系统树）的命令是（使用R的ape库）：testtree <- read.tree("tree123.txt")unrooted_tr <- unroot(testtree)write.tree(unrooted_tr, file="unrootedtree123.txt")如何应用将这些命令应用于每个单独的.txt文件的循环（使用R或在Unix命令行中）？输出（例如unrootedtree123.txt）将需要为每个单独的文件使用不同的名称。预先感谢，丹妮。

Answer 1

您可以获取所有文件，然后循环使用lapply并应用您想要应用的任何功能，如下所示：

files <- list.files(path="path/to/dir", pattern="*.txt", full.names=TRUE, recursive=FALSE)

lapply(files, function(x) {

    t <- read.table(x, header=TRUE) # load file

    # apply function

    out <- function(t)

    # write to file

    write.table(out, "path/to/output", sep="\t", quote=FALSE, row.names=FALSE, col.names=TRUE)

})