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为什么在这个openmp代码中发生了分段错误?

为什么在这个openmp代码中发生了分段错误?

慕斯王 2019-07-27 10:29:49
为什么在这个openmp代码中发生了分段错误?主程序:program main                                                                                                                                                      use omp_lib                                                                                                                                                     use my_module                                                                                                                                                   implicit none                                                                                                                                                   integer, parameter :: nmax = 202000                                                                                                                             real(8) :: e_in(nmax) = 0.D0                                                                                                                                    integer i         do i=1,2                                                                                                                                                           print *, e_in(i)                                                                                                                                                print *, eTDSE(i)                                                                                                                                            end do编译使用:ifort -openmp main.f90 my_module.f90它在执行时给出Segmentation故障。如果删除主程序中的一个打印命令,它运行正常。另外如果删除omp函数并在没有-openmp选项的情况下编译,它也运行正常。
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2 回答

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慕姐4208626

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导致此行为的最可能原因是您的堆栈大小限制太小(无论出于何种原因)。由于e_in每个OpenMP线程都是私有的,因此每个线程在线程堆栈上分配一个副本(即使您已指定-heap-arrays!)。取1616 kB(或1579 KiB)的202000元素REAL(KIND=8)

堆栈大小限制可以通过以下几种机制控制:

  • 在标准的Unix系统shell上,堆栈大小的数量由ulimit -s <stacksize in KiB>。这也是主OpenMP线程的堆栈大小限制。pthreads在创建新线程时,POSIX threads()库也将此限制的值用作默认线程堆栈大小。

  • OpenMP支持通过环境变量控制所有其他线程的堆栈大小限制OMP_STACKSIZE。它的值是一个带有可选后缀kK用于KiB,mMf为MiB或gG用于GiB的数字。此值不会影响主线程的堆栈大小。

  • GNU OpenMP运行时(libgomp)识别非标准环境变量GOMP_STACKSIZE。如果设置它会覆盖值OMP_STACKSIZE

  • 英特尔OpenMP运行时可识别非标准环境变量KMP_STACKSIZE。如果设置它会覆盖值的值,OMP_STACKSIZE并且还会覆盖使用GOMP_STACKSIZE兼容性OpenMP运行时的值(这是默认值,因为当前唯一可用的英特尔OpenMP运行时库是compat一个)。

  • 如果*_STACKSIZE未设置任何变量,则英特尔OpenMP运行时的默认值为2m32位体系结构和4m64 位体系结构。

  • 在Windows上,主线程的堆栈大小是PE头的一部分,并由链接器嵌入到那里。如果使用Microsoft LINK进行链接,则使用/STACK:reserve[,commit]。该reserve参数指定以字节为单位的最大堆栈大小而可选commit参数指定初始提交大小。两者都可以使用0x前缀指定为十六进制值。如果不能重新链接可执行文件,则可以通过编辑PE头来修改堆栈大小EDITBIN。它采用与链接器相同的堆栈相关参数。使用MSVC的整个程序优化enabled(/GL)编译的程序无法编辑。

  • Win32目标的GNU链接器支持通过--stack参数设置堆栈大小。要直接从GCC传递选项,-Wl,--stack,<size in bytes>可以使用。

请注意,线程堆栈实际上是使用由(或默认值)设置的大小分配*_STACKSIZE,与主线程的堆栈不同,主线程从较小的堆栈开始,然后根据需求增长到设置的限制。因此,不要设置*_STACKSIZE为任意大的值,否则可能会达到进程虚拟内存大小限制。

这里有些例子:

$ ifort -openmp my_module.f90 main.f90

将主堆栈大小限制设置为1 MiB(额外的OpenMP线程将默认获得4 MiB):

$ ulimit -s 1024$ ./a.outzsh: segmentation fault (core dumped)  ./a.out

将主堆栈大小限制设置为1700 KiB:

$ ulimit -s 1700$ ./a.out
  0.000000000000000E+000
 (0.000000000000000E+000,0.000000000000000E+000)
  0.000000000000000E+000
 (0.000000000000000E+000,0.000000000000000E+000)

将主堆栈大小限制设置为2 MiB,将附加线程的堆栈大小设置为1 MiB:

$ ulimit -s 2048$ KMP_STACKSIZE=1m ./a.outzsh: segmentation fault (core dumped)  KMP_STACKSIZE=1m ./a.out

在大多数Unix系统上,主线程的堆栈大小限制由PAM或其他登录机制设置(请参阅参考资料/etc/security/limits.conf)。Scientific Linux 6.3的默认值为10 MiB。

另一种可能导致错误的可能情况是虚拟地址空间限制设置得太低。例如,如果虚拟地址空间限制为1 GiB且线程堆栈大小限制设置为512 MiB,则OpenMP运行时将尝试为每个其他线程分配512 MiB。使用两个线程,只有堆栈的1 GiB,当代码,共享库,堆等的空间相加时,虚拟内存大小将超过1 GiB,并且会发生错误:

将虚拟地址空间限制设置为1 GiB,并使用另外两个具有512 MiB堆栈的线程运行(我已将注释注释掉omp_set_num_threads()):

$ ulimit -v 1048576$ KMP_STACKSIZE=512m OMP_NUM_THREADS=3 ./a.outOMP: Error #34: System unable to allocate necessary resources for OMP thread:OMP: System error #11: Resource temporarily unavailableOMP: Hint: Try decreasing the value of OMP_NUM_THREADS.forrtl: error (76): Abort trap signal... trace omitted ...zsh: abort (core dumped)  OMP_NUM_THREADS=3 KMP_STACKSIZE=512m ./a.out

在这种情况下,OpenMP运行时库将无法创建新线程,并在中止程序终止之前通知您。


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反对 回复 2019-07-27
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米脂

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分段错误是由于使用OpenMP时的堆栈内存限制。使用上一个答案中的解决方案并没有解决我在Windows操作系统上的问题。使用内存分配到堆而不是堆栈内存似乎工作:

integer, parameter :: nmax = 202000  real(dp), dimension(:), allocatable :: e_ininteger iallocate(e_in(nmax))e_in = 0! rest of codedeallocate(e_in)

此外,这不涉及更改任何默认环境参数。

在此确认并参考ohm314的解决方案:使用堆内存分配的大型阵列


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反对 回复 2019-07-27
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