请问怎么用r语言进行dna序列分析？

Question

怎么用r语言进行dna序列分析

Answer 1

一、 安装RODBC库

1、进入R语言的GUI界面（RGUI.EXE)，在菜单栏选择“程序包/安装程序包

2、在弹出的窗口里往下拉，选择RODBC如图，点击确定

3、在ODBC数据源管理器里将需要的数据库添加进去，这里笔者使用的是SQL Server2008，驱动程序选择Native Client10.0

3、在R语言窗口输入连接语句
> library(RODBC)
**这里是载入RODBC库
> channel<-odbcConnect("MyTest",uid="ripley",case="tolower")
**连接刚才添加进数据源的“MyTest”数据库
**ch <- odbcConnect("some dsn ", uid = "user ", pwd = "**** ")
**表示用户名为user，密码是****，如果没有设置，可以直接忽略
> data(USArrests)
**将“USArrests”表写进数据库里（这个表是R自带的）
> sqlSave(channel,USArrests,rownames = "state",addPK = TRUE)
**将数据流保存，这时候打开SQL Server就可以看到新建的USArrests表了
> rm(USArrests)
> sqlTables(channel)
**给出数据库中的表
> sqlFetch(channel,"USArrests",rownames = "state")
**输出USArrests表中的内容
> sqlQuery(channel,"select * from USArrests")
**调用SELECT查询语句并返回结果（如图）

> sqlDrop(channel,"USArrests")
**删除表
> odbcClose(channel)
**最后要记得关闭连接
当然，通过这个办法也可以读取Excel、Access表中的内容，具体方法类似，这里不再重复

Answer 2

有现成的包：matchprobes包 里面有个函数basecontent(seq)计算4中碱基每种的含量；
自己做的话：
#List是你的序列
unlist(strsplit(List,""))->sep.letter;#把每个字母都单独分开
#遍历所有字母
count_a=0; count_g=0; count_t=0; count_c=0;
for(i in 1:length(sep.letter)){
if(sep.letter[i]=="a"){count_a=count_a+1;}
if(sep.letter[i]=="g"){count_g=count_g+1;}
.........................
}

Answer 3

另一种是DBI方式，所以个人比较偏好用DBI连接方式。有下面这几种主要的包提供了DBI连接，可以根据已经安装的数据库类型来安装相应的驱动。因为后者保留了各数据库原本的特性，根据连接方式不同我们有两种选择：一种是ODBC方式，需要安装RODBC包并安装ODBC驱动当然也可以将R与外部数据库连接，直接在R中操作数据库，这也是一种可行的方法。在R中连接数据库需要安装其它的扩展包，并生成最终结果。

Answer 4

当然也可以将R与外部数据库连接，直接在R中操作数据库，并生成最终结果，这也是一种可行的方法。在R中连接数据库需要安装其它的扩展包，根据连接方式不同我们有两种选择：一种是ODBC方式，需要安装RODBC包并安装ODBC驱动。另一种是DBI方式，可以根据已经安装的数据库类型来安装相应的驱动。因为后者保留了各数据库原本的特性，所以个人比较偏好用DBI连接方式。有下面这几种主要的包提供了DBI连接：RMySQL，RSQLite，ROracle，RPostgreSQL。由名字看得出它们分别对应了几种主流的数据库。