R中调试的一般建议

Question

R中调试的一般建议我在使用我编写的R函数时出错：Warning messages:1: glm.fit: algorithm did not converge  2: glm.fit: algorithm did not converge我所做的：逐步完成功能添加打印以找出错误发生在哪一行，这意味着两个不应该使用的函数glm.fit..他们是window()和save().我的一般方法包括添加print和stop命令，并逐行遍历函数，直到找到异常为止。但是，我不清楚这些技术是从代码中产生错误的。我甚至不确定代码中的哪些函数依赖于glm.fit..我该如何诊断这个问题？

Answer 1

我认为调试是一种艺术形式，所以没有明确的银弹。在任何语言中都有很好的调试策略，它们也适用于这里。读这篇好文章)。例如，第一件事是重现问题.如果你不能这样做，那么你需要获得更多的信息(例如，通过日志记录)。一旦你能复制它，你就需要减少一直到源头。

与其说是“技巧”，不如说我有一个最喜欢的调试例程：

1. 当发生错误时，我通常做的第一件事是通过调用

   traceback()

   ：这显示了错误发生的位置，如果您有几个嵌套函数，这一点尤其有用。
2. 接下来我会

   options(error=recover)

   这会立即切换到出现错误的浏览器模式，这样您就可以从那里浏览工作区。
3. 如果我仍然没有足够的信息，我通常使用

   debug()

   函数并逐行遍历脚本。

R2.10中最好的新技巧(当处理脚本文件时)是使用findLineNum()和setBreakpoint()职能。

作为最后的评论：根据错误，设置它也是非常有帮助的。try()或tryCatch()关于外部函数调用的语句(特别是在处理S4类时)。这有时会提供更多的信息，而且还能让您更好地控制在运行时如何处理错误。

这些相关问题有很多建议：

• R语言的调试工具

• 调试lapplication/sapplication调用

• 在R中发生错误后获取变量的状态

• 错误的脚本行号？

Answer 2

正如我所指出的另一个问题, Rprof()和summaryRprof()是很好的工具查找程序的慢部分这可能从加速或迁移到C/C+实现中获益。如果您正在进行模拟工作或其他计算机或数据密集型活动，这可能更适用。这个profr包装可以帮助可视化结果。

我对调试有一点了解，所以另一个建议是另一个线程:

• 集

  options(warn=2)

  将警告视为错误

您也可以使用options在发生错误或警告时，使用您所选择的最喜欢的调试功能，将您直接放到操作的热度中。例如：

• 集

  options(error=recover)

  跑

  recover()

  当发生错误时，正如Shane所指出的(如

  r调试指南

  ..或者任何其他你认为有用的函数都可以运行。

另外两种方法来自“Shane‘s”中的一种链接:

• 将内部函数调用包装为

  try()

  若要返回更多信息，请执行以下操作。
• 对于*应用函数，使用

  .inform=TRUE

  (来自plyr包)作为Apply命令的选项

@JoShuaUlrich还指出运用经典的条件能力的巧妙方法browser()命令打开/关闭调试：

• 放入您可能要调试的函数中。

  browser(expr=isTRUE(getOption("myDebug")))

• 并将全局选项设置为

  options(myDebug=TRUE)

• 您甚至可以包装浏览器调用：

  myBrowse <- browser(expr=isTRUE(getOption("myDebug")))

  然后打电话给

  myBrowse()

  因为它使用了全局。

还有R2.10中的新功能：

• findLineNum()

  获取源文件名和行号，并返回函数和环境。当你

  source()

  一个.R文件，它在#n行返回一个错误，但是您需要知道#n行中的函数是什么。

• setBreakpoint()

  获取源文件名和行号，并在其中设置断点。

这个码器包，特别是其checkUsage函数在快速获取编译器通常会报告的语法和样式错误(未使用的局部变量、未定义的全局函数和变量、部分参数匹配等)方面尤其有帮助。

setBreakpoint()是一个更方便用户的前端trace()..有关如何工作的内部结构的详细信息，可在最近R杂志的文章.

如果您正在尝试调试其他人的包，一旦您找到了问题，您可以重写它们的函数带着fixInNamespace和assignInNamespace，但不要在生产代码中使用此方法。

所有这些都不应排除尝试过的真实。标准R调试工具，其中一些在上面，另一些则不在上面。特别是，验尸调试工具当您有一堆您不希望重新运行的耗费时间的代码时，非常方便。

最后，对于似乎不会抛出错误消息的棘手问题，可以使用options(error=dump.frames)如本问题所详述：没有引发错误的错误