在dataframe中提取每个组内的最大值

Question

在dataframe中提取每个组内的最大值我有一个具有分组变量(“Gene”)和一个值变量(“value”)的数据框架：Gene   Value A      12A      10B      3B      5B      6C      1D      3D      4对于分组变量的每个级别，我希望提取最大值。因此，结果应该是一个数据帧，每级分组变量有一行：Gene   Value A      12B      6C      1D      4能aggregate玩这个把戏？

Answer 1

在R中有很多这样做的可能性，以下是其中的一些：

df <- read.table(header = TRUE, text = 'Gene   Value

A      12

A      10

B      3

B      5

B      6

C      1

D      3

D      4')

# aggregate

aggregate(df$Value, by = list(df$Gene), max)

aggregate(Value ~ Gene, data = df, max)

# tapply

tapply(df$Value, df$Gene, max)

# split + lapply

lapply(split(df, df$Gene), function(y) max(y$Value))

# plyr

require(plyr)

ddply(df, .(Gene), summarise, Value = max(Value))

# dplyr

require(dplyr)

df %>% group_by(Gene) %>% summarise(Value = max(Value))

# data.table

require(data.table)

dt <- data.table(df)

dt[ , max(Value), by = Gene]

# doBy

require(doBy)

summaryBy(Value~Gene, data = df, FUN = max)

# sqldf

require(sqldf)

sqldf("select Gene, max(Value) as Value from df group by Gene", drv = 'SQLite')

# ave

df[as.logical(ave(df$Value, df$Gene, FUN = function(x) x == max(x))),]