php-cgi调用外部程序超时，但php在命令行模式下能完整运行外部程序

Question

运行环境为Ubuntu14.04php脚本无论用Apache还是nginx都会在R语言运行一半时终止运行（在需要等待运行3~5秒时的步骤停止）但用php在命令行模式php-fresult.php却能完整运行。请问是否能通过修改php配置，解决这个问题