application.properties等main下的resource文件在package的时候，也会放到jar里面的。

单个pom结构

my-app

|-- pom.xml

`-- src

   |-- main

   |   |-- java

   |   |            -- App.java

   |   `-- resources

   |       `-- META-INF

   |           `-- application.properties

   `-- test

       `-- java

                  -- AppTest.jav

打包后的结构

|-- META-INF

|   |-- MANIFEST.MF

|   |-- application.properties

|   `-- maven

|               |-- pom.properties

|               `-- pom.xml

`-- App.class

多个pom是单个pom的batch批量执行，和单个并没有什么区别

+- pom.xml

+- my-app1

| +- pom.xml

| +- src

|   +- main

|     +- java

+- my-app2

| +- pom.xml

| +- src

|   +- main

|     +- java

而你说的"运行模块",在多模块中通常都不是"jar"，而是"pom",多模块打包是为了解决一个一个打包的麻烦

....

 <packaging>pom</packaging>

 <modules>

   <module>my-app1</module>

   <module>my-app2</module>

 </modules>

...
更多参见<a href="http://maven.apache.org/guides/getting-started/index.html#How_do_I_build_more_than_one_project_at_once">How do I build more than one project at once?</a>