import java.util.Arrays;

import java.util.Scanner;

public class HelloWorld {

    public static void main(String[] args) {

       //定义一个数组，并从键盘输入数据。

       int[] scores = new int[9];//这里你应该定义数组的长度不然会报错

        for (int i=1;i<=9;i++){

        System.out.println("请输入考试成绩：");//录入成绩的提示代码我们应该放在循环内，不然什么都没有不利于我们录入信息

            Scanner input=new Scanner(System.in);

            int nums= input.nextInt();  

            scores[i-1] = nums;//如果你要i从1开始，scores[i-1]这里就应该设为i-1因为数组下标从0开始

        }

        System.out.println("考试前三名成绩为：");

        HelloWorld topthree=new HelloWorld();    

        topthree.three(scores);

    }

    //百分试卷完成成绩排序并输出前三名的功能

    public void three(int[] scores){

        Arrays.sort(scores);

        int num=0;

        for (int i=scores.length-1;i>=0;i--){

            if ((scores[i]>100)||(scores[i]<0)){

                continue;   

            }            

            num++;

            if (num>3){

                break;

            }

        System.out.println("第"+num+"名是："+scores[i]);   

        }

    }

}

程序基本没什么问题，上面有我对你存在问题的说明和建议。