把这window.open行中的url的地址改为message试试

function openWindow(){

    var message=confirm("是否打开");

    // 新窗口打开时弹出确认框，是否打开

if(message==true){

    var mynul=prompt("确认是否打开","//www.imooc.com/")

window.open('http：//www.imooc.com/','_blank','width=400,height=500,menubar=no,toolbar=no');}

    // 通过输入对话框，确定打开的网址，默认为 http：//www.imooc.com/

e

   //打开的窗口要求，宽400像素，高500像素，无菜单栏、无工具栏。

  }

<script type="text/javascript">  

    function openWindow(){

         // 新窗口打开时弹出确认框，是否打开

        var message = confirm("是否打开");

        if(message == true){

          // 通过输入对话框，确定打开的网址，默认为 http：//www.imooc.com/

          var mynul = prompt("确认输入网址","http://www.imooc.com/");

          //打开的窗口要求，宽400像素，高500像素，无菜单栏、无工具栏。      

            window.open("http://www.imooc.com/","_blank","width=400,height=500,menubar=no,toolbar=no");      

        }

    } 

  </script> 

根据问题，一步步解剖问题，分块作答，就行了。学会分解问题是一个程序员的必备技能。