JS代码从上到下，在第一个判断语句中，数组mynum是一个二维数组，用来判断每个元素的第四个元素是否是“大一”，如果是，那么新的数组women就会添加元素。n是数组women的下标，初始值是0，每取到一个mynum[i]，n的值就+1 。

也就是说，在第一次for循环中，取出的是所有大一的学生，填充到women数组中去，然后再在第二个for循环中找出women数组中的女生。

var mynum=[
	['小A','女','21','大一'],
	['小B','男','23','大三'],
	['小C','男','24','大四'],
	['小D','女','21','大一'],
	['小E','女','22','大四'],
	['小F','男','21','大一'],
	['小G','女','22','大二'],
	['小H','女','20','大三'],
	['小I','女','20','大一'],
	['小J','男','20','大三'],
	];
//找出所以大一女生
for(var i=0;i<mynum.length;i++){
    if(mynum[i][3]=="大一"){  //如果是大一，则执行里面的判断
        if(mynum[i][1]=="女"){  //如果是女，则输出mynum[i]
            document.write(mynum[i] + "<br>");
        }
    }
}

//或者按照你的写法，，
var women = array();//声明一个数组，用来装大一女生的信息
var n = 0;//声明一个变量，用来作为数组的下标
for(var i=0;i<mynum.length;i++){
    if(mynum[i][3]=="大一"){
        document.write("所以的大一学生："+mynum[i]+"<br>");//输出所以大一学生
	women[n]=mynum[i];//  => women[0]=满足条件的大一学生
	n++; //找到第一个满足条件的mynum数组元素的时候，n会变成1，然后在返回for循环继续判断
	//最后得到的结果，就是将所有大一学生的信息，封装到二维数组women中去，
    }
}
for(var j=0;j<women.length;j++){
    if(women[j][1]=="女"){
        document.write("所有的大一女生："+women[i]+"<br>");
    }
}

PS:你的第二个for循环中的n，已经在前面声明过了，尽可能用别的变量。。

n是用来统计数量的，每当查询到一条大一的记录n就加1，全部查询后，n的值就是大一学生数量的值