$(function(){

  var timer,clientHeight=$(window).height(),isTop=true; 

  $(window).scroll(function(){

                       var osTop=$(document).scrollTop();

                       if(osTop>=clientHeight){

                       $("#btn").css("display","block");

    }else{

                      $("#btn").css("display","none");

    }

    if(!isTop){

    clearInterval(timer);

    }

    isTop=false;

  });

   $("#btn").on('click',function(){

                    timer=setInterval(function(){

                    /*alert($(document).scrollTop());*/

                           var osTop=$(document).scrollTop(),ispeed=Math.floor(-osTop/6);

                              $(document).scrollTop(osTop+ispeed);

                           isTop=true;

                           if(osTop==0){

                                clearInterval(timer);

                           }

                    },30);

   });

 });

在点击事件内先清除一下已有的定时器试试

btn.onclick = function(){

clearInterval(timer);

......

}