生信linux 常用命令手册（50个）

1. ls [-alrtAFR] [name...]

• Linux ls命令用于显示指定工作目录下之内容（列出目前工作目录所含之文件及子目录)。

# 列出目前工作目录下所有名称是 s 开头的文件，越新的排越后面 :ls -ltr s*# 将 /bin 目录以下所有目录及文件详细资料列出 ls -lR /bin# 出目前工作目录下所有文件及目录；目录于名称后加 "/", 可执行档于名称后加 "*" :ls -AF

2. mv [options] source dest/directory

• Linux mv命令用来为文件或目录改名、或将文件或目录移入其它位置。

# 将文件 aaa 更名为 bbbmv aaa bbb# 将info目录放入logs目录中。注意，如果logs目录不存在，则该命令将info改名为logs。mv info/ logs 
# 再如将/usr/student下的所有文件和目录移到当前目录下，命令行为：$ mv /usr/student/*  .

3. cp [options] source dest/directory

• Linux cp命令主要用于复制文件或目录。

# 使用指令"cp"将当前目录"test/"下的所有文件复制到新目录"newtest"下，输入如下命令：$ cp –r test/ newtest

4. rm [options] name...

• Linux rm命令用于删除一个文件或者目录。

# rm  test.txt rm：是否删除 一般文件 "test.txt"? y  
# rm  homework  rm: 无法删除目录"homework": 是一个目录  
# rm  -r  homework  rm：是否删除 目录 "homework"? y 

# 删除当前目录下的所有文件及目录，命令行为：rm  -r  *

5. touch [-acfm][-d<日期时间>][-r<参考文件或目录>] [-t<日期时间>][--help][--version][文件或目录…]

• Linux touch命令用于修改文件或者目录的时间属性，包括存取时间和更改时间。若文件不存在，系统会建立一个新的文件。

$ touch testfile                #修改文件时间属性为当前系统时间  $ ls -l testfile                #查看文件的时间属性  $ touch file            #创建一个名为“file”的新的空白文件

6. pwd [--help][--version]

• Linux pwd命令用于显示工作目录（绝对路径）。

# pwd/root/test           #输出结果

7. cd [dirName]

• Linux cd命令用于切换当前工作目录至 dirName(目录参数)。

# 跳到 /usr/bin/ :cd /usr/bin# 跳到自己的 home 目录 :cd ~# 跳到目前目录的上上两层 :cd ../..

8. mkdir [-p] dirName

• Linux mkdir命令用于建立名称为 dirName 之子目录。

# 在工作目录下，建立一个名为 AAA 的子目录 :mkdir AAA# 在工作目录下的 BBB 目录中，建立一个名为 Test 的子目录。 若 BBB 目录原本不存在，则建立一个。（注：本例若不加 -p，且原本 BBB目录不存在，则产生错误。）mkdir -p BBB/Test

9. rmdir [-p] dirName

• Linux rmdir命令删除空的目录。

# 将工作目录下，名为 AAA 的子目录删除 :rmdir AAA# 在工作目录下的 BBB 目录中，删除名为 Test 的子目录。若 Test 删除后，BBB 目录成为空目录，则 BBB 亦予删除。rmdir -p BBB/Test

10. cat [-AbeEnstTuv] [--help] [--version] fileName

• cat 命令用于连接文件并打印到标准输出设备上。

# 把 textfile1 的文档内容加上行号后输入 textfile2 这个文档里：cat -n textfile1 > textfile2# 把 textfile1 和 textfile2 的文档内容加上行号（空白行不加）之后将内容附加到 textfile3 文档里：cat -b textfile1 textfile2 >> textfile3# 清空 /etc/test.txt 文档内容：cat /dev/null > /etc/test.txt# cat 也可以用来制作镜像文件。例如要制作软盘的镜像文件，将软盘放好后输入：cat /dev/fd0 > OUTFILE# 相反的，如果想把 image file 写到软盘，输入：cat IMG_FILE > /dev/fd0

11. tac 反向显示

12. more [-dlfpcsu] [-num] [+/pattern] [+linenum] [fileNames..]

• Linux more 命令类似 cat ，不过会以一页一页的形式显示，更方便使用者逐页阅读

# 逐页显示 testfile 文档内容，如有连续两行以上空白行则以一行空白行显示。more -s testfile# 从第 20 行开始显示 testfile 之文档内容。more +20 testfile

13. less [参数] 文件

• less 与 more 类似，但使用 less 可以随意浏览文件，而 more 仅能向前移动，却不能向后移动，而且 less 在查看之前不会加载整个文件。

# 查看文件
less log2013.log# ps查看进程信息并通过less分页显示ps -ef |less
# 浏览多个文件
less log2013.log log2014.log

14. head [参数]… [文件]… | 显示档案开头，默认开头10行

15. tail [必要参数] [选择参数] [文件] | 显示文件结尾内容

16. echo string

• 用于字符串的输出

# 1.显示普通字符串:echo "It is a test"It is a test# 2.显示转义字符echo "\"It is a test\"""It is a test"# 3.显示变量# read 命令从标准输入中读取一行,并把输入行的每个字段的值指定给 shell 变量#!/bin/shread name 
echo "$name It is a test"#以上代码保存为 test.sh，name 接收标准输入的变量，结果将是:[root@www ~]# sh test.shOK                     #标准输入OK It is a test        #输出# 5.显示不换行echo "he\nhe"   显示he\nhe
ehco -e "he\nhe"    显示he(换行了)he# 6.显示结果定向至文件echo "It is a test" > myfile#7.原样输出字符串，不进行转义或取变量(用单引号)echo '$name\"'# 输出结果：$name\"

# 8.显示命令执行结果
echo `date`
Thu Jul 24 10:08:46 CST 2014

17. vi/vim 编辑文件

image.png

:w filename 将文章以指定的文件名保存起来  
:wq 保存并退出:q! 不保存而强制退出
命令行模式功能键1）插入模式
    按「i」切换进入插入模式「insert mode」，按"i"进入插入模式后是从光标当前位置开始输入文件；
    按「a」进入插入模式后，是从目前光标所在位置的下一个位置开始输入文字；
    按「o」进入插入模式后，是插入新的一行，从行首开始输入文字。2）从插入模式切换为命令行模式
  按「ESC」键。3）移动光标
　　vi可以直接用键盘上的光标来上下左右移动，但正规的vi是用小写英文字母「h」、「j」、「k」、「l」，分别控制光标左、下、上、右移一格。
　　按「ctrl」+「b」：屏幕往"后"移动一页。
　　按「ctrl」+「f」：屏幕往"前"移动一页。
　　按「ctrl」+「u」：屏幕往"后"移动半页。
　　按「ctrl」+「d」：屏幕往"前"移动半页。
　　按数字「0」：移到文章的开头。
　　按「G」：移动到文章的最后。
　　按「$」：移动到光标所在行的"行尾"。
　　按「^」：移动到光标所在行的"行首"　　按「w」：光标跳到下个字的开头
　　按「e」：光标跳到下个字的字尾
　　按「b」：光标回到上个字的开头
　　按「#l」：光标移到该行的第#个位置，如：5l,56l。4）删除文字
　　「x」：每按一次，删除光标所在位置的"后面"一个字符。
　　「#x」：例如，「6x」表示删除光标所在位置的"后面"6个字符。　　「X」：大写的X，每按一次，删除光标所在位置的"前面"一个字符。
　　「#X」：例如，「20X」表示删除光标所在位置的"前面"20个字符。　　「dd」：删除光标所在行。
　　「#dd」：从光标所在行开始删除#行5）复制
　　「yw」：将光标所在之处到字尾的字符复制到缓冲区中。
　　「#yw」：复制#个字到缓冲区　　「yy」：复制光标所在行到缓冲区。
　　「#yy」：例如，「6yy」表示拷贝从光标所在的该行"往下数"6行文字。　　「p」：将缓冲区内的字符贴到光标所在位置。注意：所有与"y"有关的复制命令都必须与"p"配合才能完成复制与粘贴功能。6）替换
　　「r」：替换光标所在处的字符。
　　「R」：替换光标所到之处的字符，直到按下「ESC」键为止。7）回复上一次操作
　　「u」：如果您误执行一个命令，可以马上按下「u」，回到上一个操作。按多次"u"可以执行多次回复。8）更改
　　「cw」：更改光标所在处的字到字尾处
　　「c#w」：例如，「c3w」表示更改3个字9）跳至指定的行
　　「ctrl」+「g」列出光标所在行的行号。
　　「#G」：例如，「15G」，表示移动光标至文章的第15行行首。

18.  which [文件...]

• Linux which命令用于查找文件。

#使用指令"which"查看指令"bash"的绝对路径，输入如下命令：$ which bash#上面的指令执行后，输出信息如下所示：/bin/bash

19. locate [-d ][--help][--version][范本样式...]

• Linux locate命令用于查找符合条件的文档，他会去保存文档和目录名称的数据库内，查找合乎范本样式条件的文档或目录。

#查找passwd文件，输入以下命令：locate passwd

20. cut [参数] [file]

• Linux cut命令用于显示每行从开头算起 num1 到 num2 的文字。

cut -c 1-10 file #显示文件file每行开头的10个字符cut -f 1-10 file #显示文件file每行开头10列（以“\t”分割）cut -d “ ” -f 2 #显示文件file第二列（以空格分割）

21.  ln [参数][源文件或目录][目标文件或目录]

• Linux ln命令是一个非常重要命令，它的功能是为某一个文件在另外一个位置建立一个同步的链接。

ln -s file1 file2   #将file1链接为file2（注：file2必须不存在）ln -s file1 file2 dirname/   #将file1和file2链接到dirname/下

22. tar -f[cxzjv] <file>

• 加入或还原备份文件内的文件

#将file1，file2文件打包到newfile.tartar -cf newfile.tar file1 file2#提取newfile.tar中的文件tar -xf newfile.tar#将file1，file2文件打包并调用gzip程序将文件压缩为tar -czvf newfile.tar.gz file1 file2newfile.tar.gz#将newfile.tar.gz文件解压并提取里边的文件tar -xzvf newfile.tar.gz

23.zip [-1..9][-r] <newfile.zip> <sourcefile/dir>

• 压缩并生成“.zip”结尾的文件

#将file1，file2进行压缩到newfile.zip内zipnewfile.zip file1 file2# 使用unzip进行解压unzip newfile.zip

24.gzip [-1..9][-r] <file/dirname>

• 压缩并生成“.gz”结尾的文件

# 将file压缩为file.gz并删除源文件gzip file# 使用gunzip进行解压gunzip file.gz

25. bzip2 <file>

• 压缩并生成“.bz2”结尾的文件

# 将file压缩为file.bz2并删除源文件bzip2 file# 使用bunzip2进行解压bunzip2file.bz2

26.sort [-bcdfimMnr][-o<输出文件>][-t<分隔字符>][+<起始栏位>-<结束栏位>][--help][--verison][文件]

• 将文本文件内容进行排序

# 对file文件按第一列内容ascii码值从小到大排序并输出。sort file# 对file文件按第3列内容数值大小从小到大排序。sort -n -k 3 file# 对file文件按数值大小反向排序，优先考虑第一列，再考虑第二列sort -nr -k1,2 file

27. uniq [-cdu][-f<栏位>][-s<字符位置>][-w<字符位置>][--help][--version][输入文件][输出文件]

• Linux uniq命令用于检查及删除文本文件中重复出现的行列。

# 合并相同的行，并统计每行重复次数，输出到屏幕uniq -c file# 合并相同的行，并显示file中有重复出现的行，输出到outfile文件中uniq -d file outfile

28. wc [-clw][--help][--version][文件...]

• Linux wc命令用于计算字数。

• 利用wc指令我们可以计算文件的Byte数、字数、或是列数，若不指定文件名称、或是所给予的文件名为"-"，则wc指令会从标准输入设备读取数据。

$ cat testfile  
Linux networks are becoming more and more common, but scurity is often an overlooked  
issue. Unfortunately, in today’s environment all networks are potential hacker targets,  
fro0m tp-secret military research networks to small home LANs.  
Linux Network Securty focuses on securing Linux in a networked environment, where the  
security of the entire network needs to be considered rather than just isolated machines.  
It uses a mix of theory and practicl techniques to teach administrators how to install and  use security applications, as well as how the applcations work and why they are necesary.

$ wc testfile           # testfile文件的统计信息  3 92 598 testfile       # testfile文件的行数为3、单词数92、字节数598 $ wc testfile testfile_1 testfile_2  #统计三个文件的信息  3 92 598 testfile                    #第一个文件行数为3、单词数92、字节数598  9 18 78 testfile_1                   #第二个文件的行数为9、单词数18、字节数78  3 6 32 testfile_2                    #第三个文件的行数为3、单词数6、字节数32  15 116 708 总用量                    #三个文件总共的行数为15、单词数116、字节数708

29. grep [-abcEFGhHilLnqrsvVwxy][-A<显示列数>][-B<显示列数>][-C<显示列数>][-d<进行动作>][-e<范本样式>][-f<范本文件>][--help][范本样式][文件或目录...]

• Linux grep命令用于查找文件里符合条件的字符串。

# 查找文件中含有“world”的行grep world file# 查找文件中不含有“world”的行grep -v world file

30. awk [-F] ‘(condition){operate}’ <filename>

• 对特定的行中特定的列进行操作

# 按“：”来分割并打印出第一列awk -F “:” ‘{print $1}’# 对第一列大于100的行整行输出awk ‘($1 > 100){print $0}’# 对第一列大于100的行输出第一列和第二列的结果并以“\t”分割。awk ‘($1 > 100){print $1”\t”$2}’#对第三列匹配“world”的行的第一列求和，全部处理完之后输出结果x的值awk ‘($3~/world/){ x+= $1}END{print x}’

31. sed [-i] '{command}' <filename>

• 文本处理并可对文件进行编辑

# 将file文件中的test字符替换为new_wordsed -i ‘s/test/new_word/’ file# 将file文件中匹配pattern字串的行进行替换操作sed -i ‘/pattern/ s/ test/new_word/’ file# 将文件file中的空白行删除（d）sed -i ‘/^$/ d’ file

32. md5sum [-c] <filename>

• 验证文件传输的完整性

# 对file1文件生成md5值。md5sumfile1# 对file1文件生成md5值并重定向到newfile中。md5sum file1 > newfile# 检验newfile中文件的md5值是否和文件一致。md5sum -c newfile

33. chmod [-R] <mode> <file/dirname>

• 设置文件或目录权限

# 对file 文件用户自身增加可执行权限，同组成员权限设置为可读可写，对其他成员移除rwx权限。chmod u+xg=rx o-rwx file# 对file文件所有成员移除可写权限。chmod a-w file# 对dirname目录及其下所有文件权限设置为用户自身可读可写可执行，同组成员可读可执行，其他成员无权限。chmod -R 750 dirname

image.png

34. find [path] [expression]

• Linux find命令用来在指定目录下查找文件

# 在当前目录及其子目录下查找文件名为file的文件find./ -name file# 寻找文件名以a结尾的目录文件。find ./ -name ‘*a’ -type d 

将目前目录及其子目录下所有延伸档名是 c 的文件列出来。# find . -name "*.c"将目前目录其其下子目录中所有一般文件列出# find . -type f将目前目录及其子目录下所有最近 20 天内更新过的文件列出# find . -ctime -20查找/var/logs目录中更改时间在7日以前的普通文件，并在删除之前询问它们：
$ find /var/logs -type f -mtime +7 -ok rm { } ;
查找前目录中文件属主具有读、写权限，并且文件所属组的用户和其他用户具有读权限的文件：
$ find . -type f -perm 644 -exec ls -l { } ;
为了查找系统中所有文件长度为0的普通文件，并列出它们的完整路径：
$ find / -type f -size 0 -exec ls -l { } ;
查找/var/logs目录中更改时间在7日以前的普通文件，并在删除之前询问它们:
$ find /var/logs -type f -mtime +7 -ok rm { } ;

35. du [-ash] [--max-depth=<n>] <file/dirname>

• 显示目录或文件的大小

# 显示当前目录的大小du -sh ./# 显示dir目录下所有文件大小，不包括下一级目录du -ah --max-depth=1 dir

36. ps [options] [--help]

• Linux ps命令用于显示当前进程 (process) 的状态。

# ps -A 显示进程信息PID TTY     TIME CMD
  1 ?    00:00:02 init
  2 ?    00:00:00 kthreadd

37. top [-bcdu]

• 显示用户进程（实时）

显示进程信息# top设置信息更新时间# top -d 3//表示更新周期为3秒显示指定的进程信息# top -p 139//显示进程号为139的进程信息，CPU、内存占用率等

38. jobs [-l]

• 显示后台任务（当前节点，当前窗口）

jobsjobs -l

39. kill [-num] <PID> [-l]

• 删除或控制执行中的进程

kill28004    #终止进程号为28004的进程kill -9 28004   #强制删除进程号为28004的进程kill -19 28004   #暂停进程号为28004的进程kill -18 28004   #继续进程号为28004的进程kill -l   #显示信号列表

40. fg [%num]

• 将后台进程转换到前台

fg       #将最近的一个转后台的任务转为前台fg %2     #将编号为2的后台任务转到前台

41. bg [%num]

• 将前台任务转为后台（需先用ctrl+z暂停任务），或者继续后台暂停的任务

ctrl+z， bgbg %2 将编号为2的后台暂停任务继续。

42. history

• 查询该节点上执行过的历史命令

43. nohup

• 加到命令前使得该命令在用户退出登录后也能继续执行

• 一般与转后台’&’一起使用，屏幕输出默认重定向到nohup.out文件中

nohup perl test.pl &

44. 转后台 &

• 加到命令结尾，使该命令在后台运行

cp file1file2 & 后台执行拷贝命令

45. 重定向 >

• 将标准输出内容重定向到文件中

ls dir > dir_list 显示dir目录下的文件并将内容输出到dir_list文件中，若dir_list文件存在，则会被清空，若不纯在，将创建。

46. 追加 >>

• 表示将内容追加到文件末尾。

ls dir >> dir_list 显示dir目录下的文件并将内容追加到dir_list文件中，若dir_list文件存在，内容追加到文件末尾，若不纯在，将创建。

47. 管道符 |

• 将”|”前一部分的输出作为”|”后一部分的输入

less file1| grep world | awk ‘{print $1}’ 显示file1的内容，将带有world的行输出，打印该行的第一列

48. finger [选项] [使用者] [用户@主机] | 查看用户信息

49. paste 合并文件，需确保合并的两文件行数相同

50. watch [参数] [命令] |重复执行某一命令以观察变化

作者：thinkando
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