r与rjava

前言
Java语言在工业界长期处于霸主地位，Java语法、JVM、JDK、Java开源库，在近10年得到了爆发式的发展，几乎覆盖了应用开发的所有领域。伴随着Java的全领域发展，问题也随之而来了。语法越来越复杂，近似的项目越来越多，学好Java变得很难。对于没有IT背景的统计人员，学用Java更是难于上青天。

R一直是统计圈内处于佼佼者的语言，语法简单，学习曲线不太长也不太陡。如果能结合Java的通用性和R的专业性，碰撞出的火花，将会缤纷绚烂。

本文将介绍R与Java连接的高速通道，rJava通信方案。另外一篇文章介绍的Rserve通信方案，请参考：Rserve与Java的跨平台通信

目录

1. rJava介绍

2. rJava安装

3. rJava实现R调用Java

4. rJava(JRI)实现Java调用R (win7)

5. rJava(JRI)实现Java调用R (Ubuntu)

1. rJava介绍

rJava是一个R语言和Java语言的通信接口，通过底层JNI实现调用，允许在R中直接调用Java的对象和方法。

rJava还提供了Java调用R的功能，是通过JRI(Java/R Interface)实现的。JRI现在已经被嵌入到rJava的包中，我们也可以单独试用这个功能。现在rJava包，已经成为很多基于Java开发R包的基础功能组件。

正式由于rJava是底层接口，并使用JNI作为接口调用，所以效率非常高。在JRI的方案中，JVM直接通过内存直接加载RVM，调用过程性能几乎无损耗，因此是非常高效连接通道，是R和Java通信的首选开发包。

2. rJava安装

系统环境：

• Linux Ubuntu 12.04.2 LTS 64bit server

• R version 3.0.1 64bit

• Java (Oracle SUN) 1.6.0_29 64bit Server VM

~ uname -aLinux conan 3.5.0-23-generic #35~precise1-Ubuntu SMP Fri Jan 25 17:13:26 UTC 2013 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux~ cat /etc/issueUbuntu 12.04.2 LTS \n \l~ R --versionR version 3.0.1 (2013-05-16) -- "Good Sport"Copyright (C) 2013 The R Foundation for Statistical ComputingPlatform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.You are welcome to redistribute it under the terms of theGNU General Public License versions 2 or 3.For more information about these matters seehttp://www.gnu.org/licenses/.~ java -versionjava version "1.6.0_29"Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_29-b11)Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 20.4-b02, mixed mode)

rJava安装

#配置rJava环境~ sudo R CMD javareconf#启动R~ sudo R> install.packages("rJava")installing via 'install.libs.R' to /usr/local/lib/R/site-library/rJava** R** inst** preparing package for lazy loading** help*** installing help indices** building package indices** testing if installed package can be loaded* DONE (rJava)The downloaded source packages are in‘/tmp/RtmpiZyCE7/downloaded_packages’

3. rJava实现R调用Java

在R环境中，使用rJava包编程

#加载rJava包> library(rJava)> search()[1] ".GlobalEnv"        "package:rJava"     "package:stats"[4] "package:graphics"  "package:grDevices" "package:utils"[7] "package:datasets"  "package:methods"   "Autoloads"[10] "package:base"#启动JVM> .jinit()#声明并赋值到字符串> s <- .jnew("java/lang/String", "Hello World!")> s[1] "Java-Object{Hello World!}"#查看字符串长度> .jcall(s,"I","length")[1] 12#索引World的位置> .jcall(s,"I","indexOf","World")[1] 6#查看concat的方法声明> .jmethods(s,"concat")[1] "public java.lang.String java.lang.String.concat(java.lang.String)"#使用concat方法连接字符串> .jcall(s,"Ljava/lang/String;","concat",s)[1] "Hello World!Hello World!"#打印字符串对象> print(s)[1] "Java-Object{Hello World!}"#打印字符串值> .jstrVal(s)[1] "Hello World!"

rJava优化过的方法调用，用$来调用方法

#同.jcall(s,"I","length")> s$length()[1] 12#同.jcall(s,"I","indexOf","World")> s$indexOf("World")[1] 6

4. rJava(JRI)实现Java调用R (win7)

在win7中安装rJava

系统环境：

• win7 64bit 旗舰版

• R 3.0.1

• Java 1.6.0_45

设置环境变量

PATH: C:\Program Files\R\R-3.0.1\bin\x64;D:\toolkit\java\jdk6\bin;;D:\toolkit\java\jdk6\jre\bin\serverJAVA_HOME: D:\toolkit\java\jdk6CLASSPATH: C:\Program Files\R\R-3.0.1\library\rJava\jri

在R中安装rJava

> install.packages("rJava")#加载rJava> library(rJava)> .jinit()#R调用Java变量测试> s <- .jnew("java/lang/String", "Hello World!")> s[1] "Java-Object{Hello World!}"

启动Eclipse编写程序

package org.conan.r.rjava;import org.rosuda.JRI.Rengine;public class DemoRJava {public static void main(String[] args) {DemoRJava demo = new DemoRJava();demo.callRJava();}public void callRJava() {Rengine re = new Rengine(new String[] { "--vanilla" }, false, null);if (!re.waitForR()) {System.out.println("Cannot load R");return;}//打印变量String version = re.eval("R.version.string").asString();System.out.println(version);//循环打印数组double[] arr = re.eval("rnorm(10)").asDoubleArray();for (double a : arr) {System.out.print(a + ",");}re.end();}}

在Eclipse启动设置VM参数：

-Djava.library.path="C:\Program Files\R\R-3.0.1\library\rJava\jri\x64"

运行结果：

R version 3.0.1 (2013-05-16)0.04051018703700011,-0.3321596519938258,0.45642459001166913,-1.1907153494936031,1.5872266854172385,1.3639721994863943,-0.6309712627586983,-1.5226698569087498,-1.0416402147174952,0.4864034017637044,

打包DemoRJava.jar
在Eclipse中完成打包，上传到linux环境，继续测试。

5. rJava(JRI)实现Java调用R (Ubuntu)

新建目录DemoRJava，上传DemoRJava.jar到DemoRJava

~ mkdir /home/conan/R/DemoRJava~ cd /home/conan/R/DemoRJava~ ls -l-rw-r--r-- 1 conan conan 1328 Aug  8  2013 DemoRJava.jar

运行Jar包

~ export R_HOME=/usr/lib/R~ java -Djava.library.path=/usr/local/lib/R/site-library/rJava/jri -cp /usr/local/lib/R/site-library/rJava/jri/JRI.jar:/home/conan/R/DemoRJava/DemoRJava.jar org.conan.r.rjava.DemoRJava

运行结果

R version 3.0.1 (2013-05-16)0.6374494596732511,1.3413824702002808,0.04573045670001342,-0.6885617932810327,0.14970067632722675,-0.3989493870007832,-0.6148250252955993,0.40132038323714453,-0.5385260423222166,0.3459850956295771,

我们完成了，R和Java的互调。包括了R通过rJava调用Java，Java通过JRI调用R。并演示了win和linux中的使用方法。