一文读懂Ka/Ks

们基因进化的方式。从图中，我们发现通常Ka是小于Ks。因为改变蛋白质的突变在两个物种之间的差异远小于沉默的物种。也就是说，在大多数的情况下，选择消除了有害突变，并保持蛋白质不变（即纯化选择，purifyingselection）。

在少数情况下（通常当免疫系统基因与寄生虫共同进化时），我们发现Ka远大于Ks（即Ka / Ks >> 1）。这是有力的证据表明选择已经改变了蛋白质（正向选择，positive selection）。

我明白了，如果Ka等于Ks，那么序列的进化肯定是中性的？

没那么简单。中性进化是一种不可排除的可能性。但是，如果该基因的一部分（例如一个蛋白质结构域）处于正选择状态，而其他部分处于净化选择范围内，那么你也会得到Ka/Ks等于1的结果。不过，也有很多方法可以容许进行多序列比对之后，通过考虑物种的系统发育，计算出序列中每个codon的Ka/Ks（位点模型）。另外，可以检测基因在一个谱系中是否存在不同的比率，这表明该物种特有的事情发生了（分支模型）。这些分析方法能揭示出更多的正向选择，提供了更多的分析方向。

该怎么把我的序列比对结果转化成Ka/Ks值呢？

现在已经有很多种不同的方法供我们选择，最常用最方便的是MEGA。当然老牌的杨子恒老师的PAML也同样十分优秀。Hyphy软件除了提供全局的Ka/Ks计算外，也支持分支位点等各种模型，不过我比较喜欢Hyphy的一点是可以多线程计算。这些软件的使用方法我会在之后的推送中具体给出。

作者：亮亮就是亮
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